会社設立時における資本金は、会社設立登記の申請前に発起人名義の口座に会社運転資金として払い込まれる金銭の額と現物出資財産の評価額の合計額から資本金に計上しない額（資本準備金の額。ただし資本準備金は設けなくても良い。）を引いた金額になります。

資本金は会社（法人）の財産ですが、それに対して発起人が借入れた会社運転資金は、発起人個人の債務に過ぎません。
したがって会社の資本金を定めるのに個人の債務額はマイナスしません。


さてご質問様の例で言うと、発起人のみが出資を行う発起設立（会社設立準備段階において発起人以外の者から株式引受人を募集しない設立方法）の場合で、資本準備金を設けないとすると、800万円の預金と200万円の借入金の合計1000万円を資本金として払込めば、資本金の額は1000万円になります。

もし資本金の払込みの時点でパソコンや自動車など設立後の会社財産とする物品を400万円分購入しており、現金が600万円しか残っていない場合であっても、購入した物品400万円を現物出資して、現金600万円を払込めば、やはり資本金は1000万円になります。（ただし現物出資財産等の評価額は適正な価額でなければなりませんし、500万円を超える現物出資等を行うと検査役の調査などの手続きが必要になる場合がありますのでご注意下さい。）

なお新設法人の場合、消費税納税義務の免除の特例があるので、資本金を1000万円以上とすべき理由がなければ、1000万円未満にするのが良いと言われています。